Po raz pierwszy w źródłach wieś Chwarszczany została wymieniona w 1232 r. jako darowizna księcia Henryka Brodatego dla zakonu templariuszy. To prawdopodobnie wtedy powstała parafia w Chwarszczanach. Po kasacie templariuszy w roku 1314 dobra przeszły w ręce Joannitów, w latach 1433 – 1435 wieś była niszczona przez Krzyżaków. Joannici opuścili Chwarszczany w 1538 r. W 1758 r. wieś i kaplica spłonęła, a w XIX została odbudowana.
Około połowy trzynastego wieku templariusze zaczęli budować kaplicę, która wkrótce została rozebrana. Pozostawiono jedynie część zachodniej kamiennej fasady, którą wykorzystano do budowy nowego jednonawowego, ceglanego kościoła. W 1758 r. ziszczony podczas pożar. Odbudowano go około 1760 r.
Na lata 1870-1898 przypadają poważne prace konserwatorskie, kiedy to wybudowano szczyt zachodni, zakrystię, nową wierzbę i pokrycie dachu, skrócono okna, a także odrestaurowano polichromie na ścianach i sklepieniach.